Al fine di assolvere i propri compiti istituzionali, il Dipartimento è dotato di autonomia organizzativa ed amministrativa per quanto riguarda tutti i provvedimenti di spesa contrattuali e convenzionali, con soggetti sia pubblici sia privati, che lo riguardano direttamente, nel rispetto della disciplina legislativa vigente. È comunque esclusa la possibilità di provvedimenti amministrativi di carattere generale o relativi a questioni riservate ad altri organi a tal fine identificati dallo Statuto della Sapienza.

La governance del Dipartimento si attua attraverso i seguenti Organi:

Direttore, Consiglio di Dipartimento, Giunta di Dipartimento.

ll Direttore è coadiuvato nelle sue funzioni dal Responsabile Amministrativo Delegato (RAD), che è responsabile delle attività amministrativo-contabili e dei conseguenti atti, in solido con  il Direttore.