Il Dottorato in Storia dell'Architettura è stato avviato in occasione del III ciclo (1988), innestandosi sulla precedente esperienza del dottorato di ricerca in Conservazione dei beni architettonici, già attivato sin dal I ciclo, pertanto alcuni membri del Collegio dei docenti del dottorato in Conservazione hanno formato quello di Storia dell'architettura. Dal IV ciclo in poi, i due dottorati promossi dal Dipartimento hanno proceduto in parallelo.
I coordinatori del dottorato in Storia sono stati il prof. Corrado Bozzoni (1988 - 1993), il prof. Arnaldo Bruschi (1994 - 1995) e ancora il prof. Corrado Bozzoni dal 1996 al 2002.
La prassi adottata dal collegio dei docenti per lo svolgimento dei corsi consente ai dottorandi larghi margini di autonomia, a cominciare dalla definizione dei temi di ricerca, per la quale il Collegio stesso si limita a fornire indicazioni di carattere generale o di supporto, come pure per quanto riguarda le scelte metodologiche e operative, nell'ambito di quelle sperimentate e ritenute piú adatte agli scopi scientifici.
Gli argomenti studiati dai dottorandi spaziano dall'antichità romana del XIX secolo e riguardano vuoi singoli edifici di particolare importanza, o il complesso dell'opera di particolari architetti o committenti, vuoi, in alcuni casi, specifici problemi di carattere piú generale, sempre esaminati con riferimento a concrete realizzazioni architettoniche.
Dei lavori giunti al traguardo dell'esame nazionale e al conseguimento del titolo molti sono stati pubblicati, o in sintesi su periodici specializzati, o, in versioni rielaborate, accolti in diverse collane di studi.

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